Wybór metody sekwencjonowania zaczyna się od pytania: czego chcemy dowiedzieć się z danych? Sekwencjonowanie całego eksomu (ang. Whole Exome Sequencing, WES) i sekwencjonowanie całego genomu (ang. Whole Genome Sequencing, WGS) pozwalają analizować zmienność genetyczną, ale różnią się zakresem badania. Błędnie dobrany zakres bywa kosztowny nie tylko finansowo: wybór WES do projektu, w którym istotne są warianty regulatorowe leżące poza eksomem, może oznaczać brak odpowiedzi na postawione pytanie badawcze mimo poniesionych kosztów sekwencjonowania.
Eksom czy cały genom: od czego zależy wybór
WES: Whole Exome Sequencing
Sekwencjonowanie całego eksomu koncentruje się na regionach kodujących białka, stanowiących około 1–2% ludzkiego genomu. Sprawdza się w projektach ukierunkowanych na warianty w tych obszarach. Ograniczony zakres zwykle oznacza niższy koszt sekwencjonowania i mniej danych do analizy niż w przypadku WGS. Trzeba jednak pamiętać, że WES nie zapewnia pełnego obrazu zmian poza eksomem.
WGS: Whole Genome Sequencing
Sekwencjonowanie całego genomu obejmuje zarówno regiony kodujące, jak i niekodujące. Umożliwia szersze poszukiwanie wariantów, w tym zmian strukturalnych, zależnie od zastosowanej technologii i analizy. Warto je rozważyć, gdy pytanie badawcze wykracza poza eksom lub planujemy późniejszą analizę dodatkowych obszarów genomu. Większy zakres wymaga odpowiedniego zaplanowania analizy i przechowywania danych.
Zanim porównasz oferty
Sama nazwa metody nie wystarczy do porównania ofert. Znaczenie mają także jakość materiału, głębokość sekwencjonowania, pokrycie interesujących regionów oraz zakres bioinformatyki. Ani WES, ani WGS nie gwarantują wykrycia każdego wariantu. Wysoka średnia głębokość nie oznacza równomiernego pokrycia wszystkich obszarów. Na ten parametr wpływa m.in. zawartość GC, a regiony powtarzalne mogą utrudniać jednoznaczne mapowanie odczytów. Dlatego przy porównywaniu ofert warto pytać, jaka część regionów istotnych dla projektu osiąga wymaganą głębokość sekwencjonowania.
Przygotowując zapytanie, określ cel projektu, liczbę i rodzaj próbek oraz oczekiwany wynik: surowe dane, listę wariantów czy dalszą analizę. To podstawa do lepszego dopasowania usługi i rzetelnej wyceny całego projektu.
Zaplanuj swój projekt z relgene
W relgene każdy projekt zaczynamy od rozmowy. Przed jego rozpoczęciem nasi specjaliści spotkają się z Tobą, aby poznać cel badawczy i pomóc jak najlepiej zaplanować doświadczenie. Wspólnie omówimy dobór metody, wymagania dotyczące próbek, parametry sekwencjonowania oraz zakres analizy bioinformatycznej. Dzięki temu od początku wiesz, co obejmuje usługa i jakich danych możesz oczekiwać.
Planujesz WES lub WGS? Skontaktuj się z relgene i porozmawiajmy o Twoim projekcie.